上海科技大学始终将教学质量作为重中之重，围绕办学定位和人才培养目标，逐步建立了标准明确、组织健全、职责清楚、运转有序的教学质量保障体系，将教育教学质量标准全方位落实到人才培养的各个关键环节，实现全流程、多主体的质量监控，建立高效反馈的持续改进机制。
学校建立“高效、精干、扁平化”的教学质量保障组织架构，以校长办公会和校院两级教学委员会为主要决策咨询机构，以开课单位和教学相关职能部门为执行主体，校院协同联动。学校重视教学管理制度建设，已制定覆盖招生、教学、培养、学籍、学生事务、毕业学位等各个环节的规章制度，强调师风师德，有效保障教学工作规范开展。课程教学质量标准从课程准入和教师准入充分保障课程质量，通过教学计划审核、教学过程监控、课程质量评价全面加强教学质量把控。综合评教系统全面支持学校教学质量保障机制，具体功能版块包含学生评教、听课评价、教师自评和综合评价分析，灵活高效、多维深入、集成度高，实现“一师一档、一课一档”，形成多级别深度教学质量分析报告高效反馈。同时，学校重视人才培养质量跟踪，开展毕业生就业质量、用人单位评价等调查，考察人才培养效果与企业、社会的契合度。每年末形成《上海科技大学本科教学质量年度报告》和《上海科技大学毕业生就业质量报告》，提交教育部并对社会发布。
自新冠疫情发生以来，学校教学安排紧跟疫情变化，精准排摸师生情况，将疫情防控下的教育教学预案作为常态化工作部署，授课方式“一课一策”、学习方案“一生一策”，保证线上线下教学同质等效，保障教学平稳运行。特别是2022年春学期，面对来势凶猛的上海疫情，学校迅速转为线上教学，各单位迅速响应，及时调整教学方案。教师结合课程特点，充分利用现有的视频课程、MOOC课程等教学资源，采取灵活多样的教学方式；校院领导和教学管理人员每日巡课，及时解决师生在线授课期间遇到的实际困难。校内外师生努力克服定点隔离、核酸检测、足不出户带来的各种困难，顺利完成了全部课堂教学任务和首次大规模线上期末考试任务。为最大限度地降低疫情对本科生毕业论文的影响，学院和导师密切跟进学生论文进展，加强指导；疫情缓解后，在符合防疫要求的前提下，创造条件优先安排学生进实验室开展毕业论文实验；采取分学院、多批次的方式组织论文答辩，既确保了毕业论文质量不缩水。
学校重视借鉴国际先进高等教育理念提升教育质量，积极引入国际评估，对学院的整体架构、师资建设、人才培养、学科建设、课程设置、科学研究、行政管理等全方位考察。
2022年，学校按照教育部要求积极筹备迎接本科教学工作合格评估，持续贯彻“以评促建、以评促改、以评促管、评建结合、重在建设”的方针，坚持“以本为本”，推进“四个回归”，全面梳理本科教育教学工作，进一步强化质量保障体系建设，不断提高本科教学工作水平和人才培养质量。